Špatná kontrola příjemců dotací za 280 milionů korun, chyby dokumentacích a hodnotících kritériích, tak dopadla kontrola Nejvyššího kontrolního úřadu operačního programu Životní prostředí. Kontroloři prověřili nejen ministerstvo životního prostředí, ale také Státní fond životního prostředí.
NKÚ se zaměřil na období 2008 až 2011 a kontroloři zjistili, že často nelze zjistit, zda peníze na snížení znečištění životního prostředí byly investovány efektivně.
Další problémy zjistili u projektů na informační systémy znečištění a softwary vztahující se k závažným průmyslovým haváriím. Tyto totiž v drtivé většině připravují soukromé firmy. Ačkoliv nové produkty dotované unijními penězi se můžou uplatnit převážně jen ve státní správě a samosprávě, své záměry s kompetentními úřady nijak předem nekoordinují. NKÚ proto navrhuje tuto praxi změnit a projekty zadávat podle skutečných potřeb a požadavků úřadů.
Mezi příjemci dotací chybovala nejzávažněji společnost ISATech, s.r.o. Ta podle kontrolorů u projektu na software pro hodnocení rizik vzniku závažné havárie nevymezila dostatečně jasně předmět veřejné zakázky. Další chybu udělala, když podepsala smlouvu o dílo za 6,4 milionu korun s uchazečem, který nepředložil kompletní nabídku.